Zahlreiche Regionalzüge sollen deshalb vorzeitig in Hamburg-Harburg oder Hamburg-Altona beginnen und enden. Auch im Fernverkehr komme es zu Umleitungen und Teilausfällen, hieß es. Die ICE-Linie 33 nach Mecklenburg-Vorpommern halte während der Bauarbeiten nicht am Hamburger Hauptbahnhof, sondern zusätzlich in Hamburg-Bergedorf und/oder Hamburg-Harburg, hieß es.
Die Züge nach Sylt sollen in Hamburg-Altona starten und enden. Auch bei der ICE-Linie 22 von und nach Kiel entfalle der Halt am Hauptbahnhof, hieß es. Die S-Bahn ist von den Bauarbeiten nicht betroffen.
Die Bahn rechnet allerdings mit einem deutlich höheren Fahrgastaufkommen und empfiehlt Reisenden, vor Fahrtantritt ihre Verbindungen zu prüfen und zusätzliche Zeit einzuplanen. Mit dem Austausch der Weichen und Kreuzungen will die DB InfraGO Störungen vermeiden und den Bahnverkehr in Richtung Hamburg-Harburg stabilisieren. Der Bahnhof bleibt während der gesamten Bauzeit in Betrieb.